九州大学 生体防御医学研究室 構造生物学分野 TRUE COMBINATION OF XRAY,NWR AND EM FOR STURUCTURAL BIOLOGY

Tom20構造の絵が
教科書の図に採用

4 textbooks

CELL BIOLOGY
Authers: Thomas D. Pollard & William C. Earnshaw
Publisher: W. B. Saunders, Philadelphia
ISBN: 0-7216-3997-6
year 2002, 1st ed.
BIOCHEMISTRY, Volume1
Authers: Donald Voet & Judith G. Voet
Publisher: John Wiley & Sons
ISBN: 0-4712-5090-2
year 2003, 3rd ed.
CELLS
Editors: Benjamin Lewin, Lynne Cassimeris, Vishwanath R. Lingappa & George Plopper
Publisher: Jones & Barlett Publishers
ISBN: 0-7637-3905-7
year 2007, 1st ed.
Molecular Biology of THE CELL
Editors: Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts & Peter Walter
Publisher: Garland Science
ISBN: 978-0-8153-4105-5
year 2008, 5th ed.




解説書「いきなり始める構造生物学」
を出版

秀潤社,2011年発行

ISBN978-4-7809-0842-8
3,600円

構造生物学は研究分野としてどのように見られているでしょうか?以下は,その昔,専門は「生物物理化学」ですと言っていた30年前からタンパク質の構造生物学を専門にしてきた者の個人的見解です.好意的には,「数学や物理の高い素養が必要で,高価な大型機器を駆使して,自分達ではとてもできないような難解な手法を理解し,生物研究にはたぶん必須な立体構造を,インパクトファクターの高いジャーナルに,きれいな絵をバンバン出して,少ない労力の割には実りの多い分野」といったところでしょう.これは見方を変えれば,「昆虫採集のように構造決定をして何が面白い」あるいは「立体構造決定は専門職人に任せておけばよい」という態度にも思えます.確かに一昔前は正しい研究姿勢だったかもしれません.タンパク質分子を丸や四角の図形で表しておけば十分であり,高度な生物現象を理解するには構造の詳細は必要なかったと言えます.  しかし,21世紀も2度目の10年期に入ろうとする現在,構造生物学手法はすべての生命系研究者の手に届くところにあります.生体高分子の立体構造の総数はたかだか遺伝子の数だけなので,すべてを網羅的に決定することは可能かもしれません.しかし,複合体まで考慮すると,その数は膨大になります.構造生物学研究者だけに任せておいたのでは,なかなか自分の順番がまわって来ません.先見の明のある生命系研究者は自ら構造決定を手がけ始めています.技術や計算機の進歩は構造解析の負担を大きく減らしました.本連載によって,構造生物学手法に対する敷居が少しでも下がり,自らの手法の一つに取り入れることを考え始めていただくことがねらいです.私の希望は,こうした実践的思考をすることで,「構造生物学 is 構造決定学」という誤った見方を払拭することです.構造生物学とは,「生物現象を原子レベルの精度から説明する視点」であり,「説明したいという欲求」です.

 

第1限目 構造生物学事始め
第2限目 立体構造からわかること・わからないこと
第3限目 避けて通れない立体化学
第4限目 投稿品質の立体構造の図をつくる
第5限目 タンパク質ドメインによって広がる統一的理解
第6限目 目指せ!タンパク質調製名人
第7限目 立体構造決定法総論
第8限目 結晶をつくる技術
第9限目 X線結晶学は王道です
第10限目 NMRはスペクトロスコピーです
第11限目 電子顕微鏡はフロンティア (技術進歩により,この章の内容は改訂が必要です)
第12限目 タンパク質の構造構築原理
 




解説書「生化学の論理ー物理化学の視点からー」
を出版

共立出版,2018年発行
化学の要点シリーズ25(日本化学会編)

ISBN978-4-320-04466-1
?円

物理化学に基礎をおいて生化学を解説する本として,八木達彦先生(静岡大学名誉教授)と遠藤斗志也先生(京都産業大学,名古屋大学名誉教授)とともに執筆した.神田が担当した第6章では生化学測定機器の基礎をなす物理化学原理に重点を置き,測定結果から何が分かるか,限界は何か? など,研究する側にも,研究成果を受ける側にも必要な事柄を解説した.広範な測定技術について,それぞれをコンパクトにまとめることと複数の測定原理を同じ言葉や記号で統一的に記述することに努めた.測定原理についてすばやくかつ正確に知ることができることが”アピールポイント”である.

 

第1章 生化学と熱力学
第2章 タンパク質の構造と機能
第3章 生体膜
第4章 代謝とエネルギー
第5章 遺伝とタンパク質の生涯
第6章 生化学における物理化学的方法
 




PriAタンパク質

PriAタンパク質のN末端ドメインはDNAの3’末端を
認識することで停止したDNA複製を再開する

EMBO J 26: 2584-2593 (2007)
J Biol Chem 282: 19917-19927 (2007)

J Biol Chemの投稿時に表紙として作製した絵.残念ながら採用されませんでした.

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